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Entre las amenazas para la conservación de la trucha común, aparte de los temas relacionados con la calidad de agua, se encuentra la contaminación genética ocasionada por repoblaciones con ejemplares de distintos orígenes, que puede producir la pérdida de las razas autóctonas características. Para evitar su desaparición, investigadores de la Escuela Técnica Superior de Ingenieros de Montes de la Universidad Politécnica de Madrid han comenzado la creación de unos reproductores de trucha común autóctona madrileña, como reserva genética para preservar esta raza, que todavía hoy y desde hace varios miles de años se ha mantenido en los ríos madrileños. Por ello se pone en marcha la creación de un stock de reproductores, como una reserva genética de trucha común autóctona que permitirá ayudar a gestionar las poblaciones en el futuro.
  La iniciativa se inscribe dentro de un convenio suscrito entre la Universidad Politécnica y la Comunidad de Madrid, denominado "Cooperación en la gestión sostenible y en la determinación del estado ecológico de nuestras aguas". Fruto de este acuerdo, la piscifactoría de la Escuela Técnica Superior de Ingenieros de Montes también ha criado una pequeña y selecta producción para los ríos madrileños, compuesta por 3.500 truchas comunes triploides y estériles, y unas decenas de barbos.
Obtenidas de poblaciones del "Alto Lozoya", en el Parque de Peñalara, las truchas se crían en los estanques de la piscifactoría de esta Escuela, siendo el embrión del futuro stock de reproductores de trucha común. Especie reina de los ríos madrileños con agua de calidad, la trucha común, antaño fuente inagotable de jornadas de pesca, forma parte hoy en día de las especies amenazadas de nuestra fauna ictícola.
 Se han obtenido más de mil peces genéticamente puros que se desarrollan en la piscifactoría de la Escuela que servirá como reserva genética de nuestras cuencas para la futura gestión de ríos.
Es una especie muy compleja, nerviosa y delicada, lo que dificulta su cría. Además, su hábitat natural en la alta montaña hace que estos peces necesiten una alta calidad de agua para sobrevivir.
Los peces han sido dirigidos a la pesca sin muerte de los cotos consorciados de la Comunidad de Madrid en Santa María de la Alameda, en el Lozoya y en el Manzanares.
Los alevines, que cuentan con seis meses de edad, se obtuvieron de 14 truchas salvajes de río, en tramos de ríos donde fue comprobada la raza de las poblaciones de truchas y que fueron trasladadas a las instalaciones en el momento de su madurez. Las truchas fueron desovadas y devueltas de nuevo al río. De este proceso, se han obtenido más de mil peces genéticamente puros que se desarrollan en la piscifactoría de la Escuela de Montes. Los peces han sido dirigidos a la pesca sin muerte de los cotos consorciados de la Comunidad de Madrid en Santa María de la Alameda, en el Lozoya y en el Manzanares.
La trucha autóctona se caracteriza por las manchas rojas y negras. Es una especie muy compleja, nerviosa y delicada, lo que dificulta su cría. Además, su hábitat natural en la alta montaña hace que estos peces necesiten una alta calidad de agua para sobrevivir. Por ello, los investigadores de la Universidad Politécnica de Madrid utilizan estanques con agua procedente del acuífero de Madrid, un pozo de 200 metros, rica en oxígeno y a una baja temperatura. El sistema pretende garantizar el desarrollo de este stock, que servirá como reserva genética de nuestras cuencas para la futura gestión de ríos.
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